A UNIFASE/FMP mantém diversas parcerias com instituições nacionais e internacionais para a realização de pesquisas, intercâmbios e estágios. Os parceiros incluem Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), Fiocruz, Hospital Central do Exército, PUC da República Dominicana, Instituto Cochrane do Brasil, Marinha do Brasil, Universidade Nacional de Quilmes, Unidad Docente de Medicina Familiar y Comunidad. Sector II de Saragoça, Universidade de Sevilha e Universidade do Minho.
